Il prodotto principale di MikroTik è un sistema operativo basato sul kernel Linux, conosciuto MikroTik RouterOS. Installato su hardware proprietario della società (serie RouterBOARD), o su computer di serie x86, trasforma il computer in una rete router e implementa diverse funzionalità aggiuntive, come ad esempio firewall, virtual private network (VPN) server e client, con caratteristiche come firewall, VPN server e client, bandwidth shaper, punto d'accesso wireless e molte altre caratteristiche di uso comune, come l'interconnessione delle reti. Il sistema è anche in grado di servire come hotspot di un sistema captive portal.

Il sistema operativo concesso in licenza è in continuo aumento dei livelli di servizio, ognuno dei quali rilascia più delle caratteristiche RouterOS disponibili. Un'applicazione MS Windows chiamato Winbox fornisce una interfaccia grafica per la configurazione e il monitoraggio di RouterOS, ma RouterOS permette anche l'accesso via FTP, Telnet e Secure Shell (SSH). Un'interfaccia di programmazione dell'applicazione è disponibile per l'accesso diretto da applicazioni per la gestione e il monitoraggio.
RouterOS supporta molte applicazioni utilizzate dai fornitori di servizi Internet, ad esempio OSPF, BGP, Multiprotocol Label Switching (VPLS / MPLS), OpenFlow. Il prodotto è supportato da MikroTik attraverso un forum e un wiki, fornendo esempi assortiti e tematiche di configurazioni. RouterOS supporta Internet Protocol versione 4 (IPv4), così come Internet Protocol versione 6 (IPv6).

Il software fornisce supporto per quasi tutte le interfacce di rete che il kernel Linux 2.6.16 supporti, salvo il wireless, dove le chipset Atheros e Prism sono l'unico hardware supportato, a partire dalla versione 3.x.
L'azienda produce una serie di circuiti integrati, commercializzati con il nome RouterBOARD, che tramite componenti accessori realizzano una piattaforma operativa hardware completa per RouterOS.

La linea RouterBOARD, combinato con RouterOS, è commercializzato da piccoli e medi fornitori di servizi Internet wireless, che forniscono in genere l'accesso wireless a banda larga in aree remote. I prodotti includono pre-assemblati small office / home office (SOHO), i router wireless 802.11n MIMO e TDMA per uso interno ed esterno e anche i router in forma di circuiti stampati (PCB) per l'integrazione in soluzioni personalizzate. Inoltre, la linea RouterBOARD comprende una serie di adattatori wireless Mini PCI e PCI Express, supportando una vasta gamma di IEEE 802.11 protocolli, e progettato per essere utilizzato insieme alle schede router lineup.

Nonostante il fatto che le patch del kernel Linux sviluppate in-house necessarie per il supporto hardware non siano messi a disposizione del pubblico da MikroTik, molte schede RouterBOARD e le loro versioni sono ben supportate da firmware Linux-based di terze parti, in particolare OpenWrt.